Các phần mô nứt liên quan đến quá trình xử lý mô kém. Có thể dễ dàng nhận thấy một dấu hiệu khác về các mô được xử lý quá mức khi nhìn vào các tế bào hồng cầu (RBC) trong mạch.

Nước thường được sử dụng làm chất phân biệt eosin vì nó có thể loại bỏ eosin thừa ra khỏi tiêu bản. Cồn khử nước và cồn 100% đầu tiên có thể chứa đủ nước để làm nhạt eosin và phân biệt rõ hơn eosin. Quá nhiều bước sẽ làm màu của eosin nhạt hơn và làm mờ cấu trúc tế bào chất.

Trong khi nhuộm, nước có thể thấm vào rượu (theo eosin) do sự chuyển màu giữa các bước. Khi thuốc thử không được thay thường xuyên, hàm lượng nước sẽ tiếp tục tăng và sẽ được chuyển sang các xylen tiếp theo trước khi phủ lên. Lượng nước thừa trong xylen này theo thời gian có thể gây ra hiện tượng eosin thấm ra khỏi mô. Nó được nhìn thấy trên tiêu bản như hình dưới đây. Hiện tượng này có thể xảy ra ngay cả khi xylene không bị nhiễm nước.

Tùy thuộc vào vị trí, chất lượng nước có thể khá khác nhau. Fluor hóa, độ pH hoặc các khoáng chất khác có thể ảnh hưởng không chỉ đến cách mô tiếp nhận thuốc nhuộm mà còn ảnh hưởng đến tuổi thọ của thuốc nhuộm. Ví dụ, vì hematoxylin có tính axit nhẹ nên nước có độ pH cơ bản có thể làm tăng độ pH của hematoxylin, khiến nó kém hiệu quả hơn. Nếu chất lượng nước kém hoặc thay đổi thì việc sử dụng nước khử ion (DI) là một lựa chọn tốt nhất. Chỉ cần nhớ đảm bảo áp lực nước DI đủ cho thuốc nhuộm.

Mô đông lạnh có thể là mẫu rất khó nhuộm. Thời gian rất quan trọng nên việc rút ngắn thời gian nhuộm màu cho phép nhà nghiên cứu bệnh học phản hồi nhanh chóng với nhân viên phẫu thuật.

Tuy nhiên, một trong những vấn đề lớn nhất là sự nhuộm màu không đồng đều, không liên quan đến việc cắt mô đông lạnh. Nguyên nhân đầu tiên có thể kể đến ở quy trình cố định mô và rửa tiêu bản trước khi nhuộm. Hãy nhớ rằng môi trường được sử dụng để hỗ trợ các mô đông lạnh trong quá trình cắt có thể hòa tan trong nước và PHẢI được loại bỏ khỏi mẫu, không khác gì loại bỏ parafin khỏi các mẫu thông thường trước khi nhuộm. Chất này thậm chí có thể ngăn chặn sự xâm nhập của thuốc nhuộm giống như sáp parafin. Và, không giống như sáp, bạn có thể sẽ không thấy bất kỳ vết nào còn sót lại nào trên tiêu bản khi kết thúc quá trình nhuộm, bởi vì nó đã bị loại bỏ trong quá trình nhuộm.

Các mẫu thường không được nhân viên phòng thí nghiệm thu thập, vì vậy việc đào tạo nhân viên lấy mẫu là điều cần thiết. Thu thập mẫu bằng cách sử dụng miếng gạc, dụng cụ có đầu bông hoặc các thiết bị trung gian khác có thể làm khô mẫu. Hiện tượng này thường thấy nhất khi sinh thiết, đặc biệt khi nhiều mẫu được thu thập từ cùng một bệnh nhân bằng cùng một thiết bị thu thập. Đối với những trường hợp này, việc rửa thiết bị thu thập bằng formalin có thể gây hại cho bệnh nhân, nên sử dụng vật liệu không xốp để lấy mô ra khỏi thiết bị. Nước muối cũng có thể được sử dụng để rửa mô từ thiết bị sang vật chứa khác vì nó sẽ không làm mất nước khỏi mẫu đã thu thập.

Mẫu phải được thu thập và ngay lập tức được ngấm vào chất cố định để đảm bảo sự cố định thích hợp. Formalin là chất cố định được sử dụng phổ biến nhất trong phòng thí nghiệm. Tuy nhiên, formalin phải được xử lý như bất kỳ thuốc thử nào khác, đặc biệt là về ngày bảo quản và hết hạn. Để formalin dưới ánh nắng trực tiếp có thể làm thay đổi độ pH của dung dịch, gây ra môi trường axit cho các mô. Tính axit trong chất cố định có xu hướng có hai tác động chính lên mô:

1. Làm khô các cạnh bên ngoài của các mô
2. Làm khô mô quá mức

Khi bộ xử lý mô phát triển, kỹ thuật xử lý của chúng ta cũng phát triển. Từ đó, thời gian của quy trình xử lý ngày càng được sắp xếp hợp lý hơn để đáp ứng nhu cầu của bệnh nhân bằng cách tạo ra hiệu quả trong quá trình xử lý. Vì lý do này, việc đặt tất cả các mẫu lại với nhau trên cùng một giao thức là không còn hợp lý nữa. Các mẫu nhỏ được đặt qua quy trình qua đêm sẽ bị mất nước quá mức, khiến việc phân chia trở nên khó khăn. Ngâm có thể giúp ích, nhưng thường sẽ khiến mô bị nứt. Các mẫu lớn được đặt theo quy trình thích hợp hơn cho sinh thiết sẽ bị khử nước và khó có thể được cắt ra cho đến khi hoàn tất quá trình xử lý thích hợp.

Bong bóng hạt nhân xảy ra khi các protein trong nhân đông lại. Hiện tượng này thường là kết quả của các mẫu được cố định kém và gặp phải nhiệt độ cao. Chất cố định có độ pH cao cũng có thể gây ra hiện tượng này. Môi trường khắc nghiệt khiến protein đông tụ xung quanh những giọt chất lỏng nhỏ, khiến chúng có hình dạng bong bóng.