Điện di DNA của agarose yêu cầu một bước nhuộm màu để hình dung các đoạn DNA. Điều này có thể được thực hiện một cách an toàn bằng cách sử dụng dung dịch xanh metylen. Xanh methylene liên kết với DNA tích điện âm làm cho DNA có thể nhìn thấy dưới dạng các dải màu xanh lam trong agarose sau khi điện di.

Dung dịch xanh metylen được cung cấp ở dạng đậm đặc gấp 10 lần. Để sử dụng, pha loãng dung dịch đậm đặc 10x bằng cách trộn một phần xanh methylene với chín phần nước (Ví dụ: 100 ml dung dịch đậm đặc 10x được thêm vào 900 ml nước).

Sau đó, xanh methylene 1x có thể được sử dụng để nhuộm các dải DNA trong gel agarose. Đặt gel Agarose của bạn vào khay nhuộm gel sạch, nhỏ. Đổ vừa đủ 1x thuốc nhuộm xanh metylen vào một khay thích hợp để phủ gel agarose. Để yên cho đến khi có thể nhìn thấy các dải DNA trong agarose. Quá trình này có thể mất tới 16 giờ (qua đêm). Sau khi nhuộm xong, rửa gel agarose bằng nước sạch. Độ phân giải của các dải DNA được cải thiện có thể đạt được bằng cách cho phép gel bị phân hủy trong khay sạch mới và phủ nước sạch. Để có kết quả tốt nhất, hãy để khoảng 20 phút trên máy lắc với chuyển động lắc chậm. Thay nước trong thời gian này cũng sẽ cải thiện hoạt động khử màu.

Ngoài ra, DNA có thể được nhuộm bằng cách sử dụng chất cô đặc xanh methylene 10x. Đổ đủ 10x methylene blue để phủ gel agarose và để yên trong 5-10 phút. Sau khi nhuộm xong, rửa gel agarose trong nước sạch. Độ phân giải của các dải DNA được cải thiện có thể đạt được bằng cách cho phép gel bị phân hủy trong nước sạch.

Sau khi gel của bạn đã được nhuộm và tẩy màu, bạn có thể hình dung các dải của mình bằng cách đặt gel lên bàn có ánh sáng hoặc nếu không có sẵn, hãy đặt gel lên một bề mặt màu trắng.